En Belgique, chaque année, des dizaines d'enfants handicapés sont abandonnés dès leur naissance. Ailleurs dans le monde, ils sont des centaines de milliers dont la déficience a fait d'eux des orphelins. Depuis plus de 15 ans, la fondation "Emmanuel" s'évertue à trouver des familles belges qui sont prêtes à accueillir un enfant handicapé, pour qu'il ne souffre plus de cette double exclusion sociale, celle du handicap et celle de l'abandon. Des parents d'adoption, des enfants biologiques et des enfants adoptés apportent le témoignage de leur expérience.
Louba est juive et orpheline. Enfant, les photos de guerre et les disparus des camps ne cessaient de la hanter. Placée à treize ans dans une famille d'accueil, elle s'y montre farouche et peu ouverte aux autres. Sa compagne de chambre, Jeanie, est tout le contraire: expansive et frivole, elle joue de sa sensualité pour attirer les garçons mais seul Charlie occupe véritablement ses pensées. Malheureusement, c'est manifestement Louba qui intéresse le jeune homme. Et lorsque celle-ci accepte un rendez-vous malgré sa timidité, c'est pour tomber dans un piège tendu par Jeanie.
Théo est remis à l'adoption par sa mère biologique le jour de sa naissance. C'est un accouchement sous X. La mère à deux mois pour revenir sur sa décision...ou pas. Les services de l'aide sociale à l'enfance et le service adoption se mettent en mouvement. Les uns doivent s'occuper du bébé, le porter (au sens plein du terme) dans ce temps suspendu, cette phase d'incertitude. Les autres doivent trouver celle qui deviendra sa mère adoptante. Elle s'appelle Alice et cela fait dix ans qu'elle se bat pour avoir un enfant. PUPILLE est l'histoire de la rencontre entre Alice, 41 ans, et Théo, trois mois.